دانشگاه مدنی آذربایجان طی سالیان گذشته با مشکل کمبود خوابگاه به خصوص برای دانشجویان پسر رو به رو بوده است،به طوری که به تمامی دانشجویان اهل شهر‌های بناب، عجب‌شیر، در شعاع ۸۰ کیلومتری دانشگاه خوابگاه تعلیق نمی‌گیرد.
براساس گزارشات منتشرشده،هرساله این دانشجویان باید مدتی را بدون خوابگاه بگذرانند تا اگر جایی خالی وجود داشت آنها هم اسکان پیدا کنند.در دوران کرونا دانشگاه مدنی اقدام به جذب گسترده دانشجو بخصوص از کشور‌های خارجی کرد.در حالی که مشکلات رفاهی برای دانشجویان بومی به اوج خود رسیده بود،پس از جذب این دانشجویان همواره بخش قابل توجهی از خوابگاه و ظرفیت‌های رفاهی به آنان اختصاص می‌یافت و دیگر دانشجویان باید در خوابگاه‌های خودگردان و یا خوابگاه‌های خارج از دانشگاه مستقر شوند.به نظر میرسد سیاست مسئولان به سمت پولی شدن دانشگاه است و ترجیح میدهند به جای دانشجویان داخل کشور و عمدتا روزانه، دانشجویان خارجی(عمدتا از کشور عراق) را با هزینه‌های چندین برابر پذیرش کرده و در خوابگاه‌ها اسکان دهند.با وجود اعتراض دانشجویان و درخواست رزرو خوابگاه در فاصله یک هفته مانده به شروع ترم، همچنان وضعیت اسکان دانشجوها در سرای دانشجویی نامشخص است.گفتنی است در دانشگاه مدنی با کارشکنی معاونت دانشجویی،شورای صنفی تشکیل نشد و درحال حاضر بسیاری از مسائل دانشجویان،بدون وجود نهادی مطالبه‌گر تشدید شده‌اند.