در اقدامی ناگهانی و با برخوردی اجرایی،شهرداری تهران روز یکشنبه 12 مرداد،ساختمان خانه اندیشمندان علوم انسانی را تخلیه و عملاً این نهاد فکری و فرهنگی را تعطیل کرد.
نیروهای اجرایی شهرداری با تعویض قفل‌ها،محل را در اختیار گرفتند.این اقدام در حالی صورت گرفت که تنها ساعاتی پیش،مهدی چمران،رئیس شورای شهر،در صحن شورا اعلام کرده بود تصمیم نهایی در مورد خانه اندیشمندان باید با نظر شورا باشد و نه صرفاً اراده شهرداری.واکنش‌ها به تعطیلی خانه اندیشمندان گسترده بوده است.بسیاری از انجمن‌های علمی علوم انسانی،شخصیت‌های دانشگاهی و رسانه‌ها،این اقدام را حمله‌ای سازمان‌یافته به استقلال اندیشه و یکی از نمادهای اندیشه‌ورزی در ایران دانسته‌اند.خانه اندیشمندان در بیانیه‌ای اعلام کرده است که تا اطلاع ثانوی تمامی برنامه‌های آن لغو شده است.